根據最新調查結果，小林制藥公司的含紅曲成分保健品原料中的軟毛青霉酸是導致消費者腎功能障礙的主要原因。這種軟毛青霉酸是一種細菌毒素，其毒性已經得到了充分的研究證明。然而，在小林保健品中檢測出來的軟毛青霉酸含量并不高，這可能是因為該種毒素被破壞或者分解掉了。

另外兩種起初被認為“意外”的物質也并未發現對消費者的腎功能造成直接傷害。厚生勞動省推測，這些物質可能是由生產紅曲原料的工廠在培養紅曲過程中混入的青霉菌產生的產物。由于紅曲是一種傳統的發酵食品，含有豐富的營養成分，因此混入青霉菌后可能會產生一些有害物質，比如軟毛青霉酸等。

至于另一種“意外”物質，它可能是含紅曲保健品的有效成分之一——莫納可林K在青霉菌的作用下發生變化而來。莫納可林K是一種常見的抗生素，具有抗菌、抗病毒等多種生物活性。但是，它的作用機理目前還不完全清楚，且可能存在一定的副作用。

總體來說，小林制藥公司在研發含紅曲成分的保健品時，應該更加注重產品質量控制和安全風險評估，避免出現像這次這樣的食品安全事件。此外，對于類似的保健品企業來說，也需要加強與相關部門的合作，共同制定相關標準和法規，以保障消費者的合法權益和身體健康。